Endoskopi işlemine başlamadan önce, öğürme refleksini ve yaşanabilecek rahatsızlığı en aza indirmek amacıyla hastaya sakinleştirici verilir. Ağzın açık tutulması için plastik bir ağızlık kullanılır ve boğazı uyuşturmak amacıyla ağız içine anestezik sprey uygulanır. Ardından endoskop nazikçe ağıza yerleştirilir. Doktorunuz, endoskop boğazdan geçerken yutkunmanızı isteyebilir. Boğazda bir baskı hissi oluşabilir, ancak genellikle ciddi bir acı hissedilmez. Endoskop boğazı geçtikten sonra hasta konuşamaz, ancak sesler çıkarabilir. Endoskopi, nefes almayı engellemez. İşlem sırasında görüntüler, muayene odasındaki bir ekrana aktarılır. Sindirim sisteminizin bu tarama görüntüsü, daha sonraki incelemeler ve analizler için kaydedilir. Daha iyi görüntüleme sağlamak amacıyla, yemek borusuna hafif hava basıncı verilebilir; bu, sindirim sisteminin genişlemesine yardımcı olur. Bu sayede endoskop serbestçe hareket edebilir ve sindirim sisteminin kıvrımları daha kolay incelenebilir. Eklenen havadan dolayı bir basınç veya dolgunluk hissi yaşanabilir. Doku örneği almak (biyopsi) veya polipleri çıkarmak için endoskop aracılığıyla özel cerrahi aletler geçirilebilir. Muayene tamamlandığında, endoskop ağzınızdan yavaşça geri çekilir.