EMDR tedavisi genellikle üç ana aşamayı içerir:
1. Geçmiş deneyimlerden kaynaklanan rahatsız edici anıların işlenmesi ve çözümlenmesi.
2. Mevcut tetikleyicilere veya stres faktörlerine karşı duyarsızlaşma.
3. Gelecekteki işlevselliği artırmak için uyarlanabilir davranış ve becerilerin geliştirilmesi ve bütünleştirilmesi.