Duktoskopi genellikle potansiyel yan etkileri minimal olan güvenli bir prosedür olarak kabul edilir. Hastalar işlem sonrası bazen geçici meme ağrısı veya ciltte hafif kızarıklık yaşayabilirler. Bu küçük ve geçici etkilerin ötesinde, oldukça güvenilir bir yöntemdir.