El Ayak Ağız Hastalığı (EAAH), başlangıçta bazen belirti vermese de genellikle çeşitli semptomlarla kendini gösterir.

Ortaya çıkabilecek başlıca belirtiler şunlardır:
* Ateş
* Boğaz ağrısı
* Dil, diş etleri ve yanakların iç kısmında oluşan kabarcıklar veya yaralar
* Avuç içi ve ayak tabanlarında görülen döküntü
* Bebeklerde ve küçük çocuklarda huzursuzluk
* İştah kaybı
* Yutma güçlüğü
* Burun akıntısı

Hastalığın kuluçka dönemi, yani enfeksiyondan semptomların ortaya çıkışına kadar geçen süre genellikle 3 ila 6 gündür. Bu dönemde ateş ve boğaz ağrısı sıkça görülür; çocuklar iştahlarını kaybedebilir ve genel bir kırgınlık hissedebilirler. Ateş başladıktan bir veya iki gün sonra, ağız ve boğazın ön kısmında ağrılı yaralar gelişebilir. Aynı zamanda ellerde, ayaklarda ve bazen de kalçalarda kırmızı döküntüler ortaya çıkabilir.

Ağzın arkasında ve boğazda gelişen yaralar ise, ani yüksek ateş ve bazı durumlarda nöbet gibi ek özellikler gösterebilen, herpangina adı verilen benzer bir viral enfeksiyonu işaret edebilir. Nadir durumlarda, döküntüler eller, ayaklar veya ağız dışında vücudun diğer bölgelerinde de görülebilir.