Karbon peeling uygulaması genellikle cilde bilinen ciddi bir zarar vermez. Ancak, kişinin cilt yapısı aşırı ince veya cilt çok kuru ise tahrişe neden olabilir. Nadir durumlarda ise bazı kişilerde kaşıntı veya hafif kızarıklık gibi geçici yan etkiler gözlemlenebilir.