Bebeklerde reflünün türünün doğru bir şekilde teşhis edilmesi ve belirlenmesi büyük önem taşır. Genellikle, her beslenmenin ardından az miktarda kusma, kusmukta safra veya kan bulunmaması ve bebeğin gelişiminin iyi olması durumunda görülen reflü fizyolojiktir (normal kabul edilir). Ancak, bebeğin kilo alımının duraklaması veya kilo kaybı yaşanması gibi belirtiler varsa, patolojik reflüden şüphelenilmeli ve detaylı bir tıbbi değerlendirme yapılmalıdır. Tedavi edilmeyen patolojik reflü, bebeklerde çeşitli ciddi sağlık sorunlarına yol açabilir ve uzun vadede başka hastalıkların gelişimine zemin hazırlayabilir. Başlıca komplikasyonlar arasında kilo kaybı, büyüme geriliği, yemek borusundaki tahrişe bağlı ağrı ve iştahsızlık yer alır. Uyku düzeninde bozulmalar, huzursuzluk, uykuya dalma ve sürdürme güçlüğü yaşanabilir. Sürekli tekrarlayan kusmalar, süt veya mide içeriğinin soluk borusuna kaçma (aspirasyon) riskini artırarak sık akciğer enfeksiyonlarına neden olabilir. Ayrıca, ses tellerinde hasar oluşabilir ve solunum yollarında bronş tıkanıklığına bağlı olarak aşırı hışıltı veya hırıltı gibi solunum problemleri görülebilir.