Микропенис — это врожденное состояние, которое обычно возникает из-за различных фетальных гормональных дефицитов. Среди этих дефицитов наиболее распространенным является гипогонадотропный гипогонадизм, характеризующийся снижением уровня мужских гормонов. Микропенис также может быть связан с генетическими синдромами или развиваться в результате идиопатических состояний (неизвестной причины). С другой стороны, укорочение полового члена может быть связано с определенными медицинскими и хирургическими состояниями. Эти состояния могут наблюдаться у пациентов, перенесших радикальную простатэктомию по поводу рака простаты, у лиц с болезнью Пейрони и у лиц с врожденными аномалиями.