После колоноскопического удаления полипов основной потенциальной сложностью является кровотечение в месте проведения процедуры. Это кровотечение обычно можно купировать и остановить с помощью дальнейшего колоноскопического вмешательства. Другие возможные осложнения включают инфекцию и перфорацию кишечника.