Начальные диагностические шаги при мальабсорбции обычно включают общий анализ крови (ОАК) и комплексную метаболическую панель. Впоследствии проводятся специфические тесты для измерения уровней жизненно важных питательных веществ в организме, которые часто страдают от мальабсорбции, таких как железо, витамин B12, фолиевая кислота и витамин D. Для оценки мальабсорбции жиров проводится анализ кала на наличие стеатореи. Рутинно также рассматриваются анализы крови на антитела к целиакии. Дальнейший анализ кала может включать тестирование на фекальную эластазу для оценки недостаточности ферментов поджелудочной железы и фекальный кальпротектин для скрининга воспалительных заболеваний кишечника. При наличии клинических показаний могут быть выполнены эндоскопические процедуры, такие как гастроскопия и колоноскопия, с взятием биопсии для гистологического исследования.