A embolia pulmonar pode recorrer se os fatores de risco subjacentes não forem abordados e o tratamento não for devidamente seguido. Para prevenir a formação de um novo coágulo, os medicamentos anticoagulantes são tipicamente usados por pelo menos 6 meses. A adesão completa ao tratamento e os exames médicos regulares reduzem significativamente o risco de recorrência da doença.