A endoscopia por cápsula é utilizada principalmente para investigar a causa de sangramentos gastrointestinais de origem indeterminada e para diagnosticar doenças inflamatórias que afetam o intestino delgado, como a doença de Crohn. Além disso, é um método eficaz para a investigação de condições acompanhadas de sintomas como anemia por deficiência de ferro inexplicada, diarreia crônica, dor abdominal e perda de peso, bem como para o diagnóstico de pólipos ou tumores no intestino delgado.