La endoscopia con cápsula se utiliza principalmente para investigar la causa de sangrados gastrointestinales de origen no determinado y para diagnosticar enfermedades inflamatorias que afectan el intestino delgado, como la enfermedad de Crohn. Además, es un método eficaz para el estudio de afecciones acompañadas de síntomas como anemia por deficiencia de hierro inexplicable, diarrea crónica, dolor abdominal y pérdida de peso, así como para el diagnóstico de pólipos o tumores en el intestino delgado.