A etiologia precisa da endometriose permanece desconhecida. A teoria mais amplamente aceita, conhecida como menstruação retrógrada, postula que, durante o fluxo menstrual, o tecido endometrial flui para trás através das trompas de Falópio e se implanta nas cavidades pélvica e abdominal, onde continua a crescer. Também é hipotetizado que uma resposta imune alterada pode contribuir para a persistência e proliferação desses implantes endometriais ectópicos.