El diagnóstico de quiste pilonidal (seno pilonidal) se puede realizar fácilmente mediante un examen físico llevado a cabo por un cirujano general. Durante este examen, la sensibilidad en el pliegue interglúteo, la hinchazón, un absceso o la presencia de una abertura sinusal (orificio) en la zona del cóccix son indicadores suficientes para el diagnóstico. En casos de infección grave, se pueden solicitar análisis de sangre para evaluar la extensión de la infección. Generalmente, no se requieren pruebas de imagen (resonancia magnética, ecografía, etc.) para el diagnóstico de quistes pilonidales.