Os parasitas intestinais são geralmente divididos em duas categorias principais: Protozoários e Helmintos.

Protozoários: São organismos unicelulares microscópicos. Entre as espécies de protozoários comuns que causam infecções intestinais em humanos estão Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium e Cyclospora cayetanensis. Esses parasitas geralmente se espalham através de alimentos, água, solo contaminados ou superfícies sujas com fezes humanas e animais. Por exemplo, podem ser encontrados em águas de spas ou piscinas mal mantidas. Alguns protozoários formam cistos resistentes que podem sobreviver fora do hospedeiro por meses. A ingestão desses cistos ou parasitas microscópicos resulta em infecção.

Helmintos: São vermes intestinais multicelulares visíveis a olho nu. Os helmintos são geralmente classificados como vermes chatos (trematódeos e cestódeos) e vermes redondos (nematódeos). O grupo dos vermes chatos inclui as tênias, enquanto os vermes redondos abrangem muitas espécies, incluindo os oxiúros. Especificamente, os oxiúros (Enterobius vermicularis) são uma das infecções por helmintos intestinais mais comuns em humanos, particularmente em crianças.