हालांकि स्पाइना बिफिडा का सटीक कारण पूरी तरह से समझा नहीं गया है, गर्भावस्था के दौरान कुछ कारकों को जोखिम बढ़ाने वाला माना जाता है। विशेष रूप से, फोलिक एसिड की कमी, जो भ्रूण के मस्तिष्क और तंत्रिका विकास के लिए महत्वपूर्ण है, स्पाइना बिफिडा के जोखिम को काफी बढ़ाने वाले प्राथमिक कारकों में से एक है। इसके अतिरिक्त, गर्भावस्था के दौरान विकिरण या मजबूत चुंबकीय क्षेत्रों के संपर्क में आना भी संभावित जोखिम कारकों में से एक माना जाता है।