माइक्रोपेनिस एक जन्मजात स्थिति है जो आमतौर पर विभिन्न भ्रूण हार्मोनल कमियों के कारण उत्पन्न होती है। इन कमियों में, सबसे आम हाइपोगोनाडोट्रोपिक हाइपोगोनाडिज्म है, जो पुरुष हार्मोन के स्तर में कमी की विशेषता है। माइक्रोपेनिस आनुवंशिक सिंड्रोम से भी जुड़ा हो सकता है या अज्ञात कारण (इडियोपैथिक) की स्थितियों के परिणामस्वरूप विकसित हो सकता है। दूसरी ओर, लिंग की छोटापन कुछ चिकित्सा और सर्जिकल स्थितियों से जुड़ा हो सकता है। ये स्थितियां प्रोस्टेट कैंसर के लिए रेडिकल प्रोस्टेटेक्टोमी से गुजरने वाले रोगियों, पेरोनी रोग वाले व्यक्तियों और जन्मजात विसंगतियों वाले लोगों में देखी जा सकती हैं।