आंतों के परजीवी आमतौर पर दो मुख्य श्रेणियों में विभाजित होते हैं: प्रोटोजोआ और हेल्मिन्थ।

प्रोटोजोआ: ये सूक्ष्म, एकल-कोशिका वाले जीव हैं। मनुष्यों में आंतों के संक्रमण का कारण बनने वाली आम प्रोटोजोआ प्रजातियों में जियार्डिया लैम्ब्लिया, एंटअमीबा हिस्टोलिटिका, क्रिप्टोस्पोरिडियम और साइक्लोस्पोरा कायटेनेसिस शामिल हैं। ये परजीवी आमतौर पर दूषित भोजन, पानी, मिट्टी या मानव और पशु मल से दूषित सतहों के माध्यम से फैलते हैं। उदाहरण के लिए, ये खराब रखरखाव वाले स्पा या स्विमिंग पूल के पानी में पाए जा सकते हैं। कुछ प्रोटोजोआ प्रतिरोधी सिस्ट बनाते हैं जो मेजबान के बाहर महीनों तक जीवित रह सकते हैं। इन सूक्ष्म सिस्टों या परजीवियों को निगलने से संक्रमण होता है।

हेल्मिन्थ: ये बहुकोशिकीय आंतों के कीड़े हैं जो नग्न आंखों से दिखाई देते हैं। हेल्मिन्थ को आमतौर पर फ्लैटवर्म (ट्रेमाटोड और सेस्टोड) और राउंडवर्म (नेमाटोड) के रूप में वर्गीकृत किया जाता है। फ्लैटवर्म समूह में टेपवर्म शामिल हैं, जबकि राउंडवर्म में पिनवर्म सहित कई प्रजातियां शामिल हैं। विशेष रूप से, पिनवर्म (एंटरोबियस वर्मिकुलरिस) मनुष्यों में, विशेषकर बच्चों में सबसे आम आंतों के हेल्मिन्थ संक्रमणों में से एक है।