यद्यपि कोरोनरी एंजियोग्राफी आम तौर पर एक सुरक्षित प्रक्रिया है, बहुत दुर्लभ मामलों में गंभीर जटिलताएँ हो सकती हैं। इनमें मुख्य धमनी (महाधमनी) में, जिससे कैथेटर गुजरता है, या कोरोनरी धमनी के प्रवेश बिंदु पर एक चीरा (विच्छेदन) का बनना शामिल है। जहाँ महाधमनी में चीरे आमतौर पर गंभीर परिणाम नहीं देते, वहीं कोरोनरी धमनी के मुख पर चीरे से दिल का दौरा या मृत्यु हो सकती है। ऐसे जोखिम विशेष रूप से गंभीर कोरोनरी धमनी रोग वाले रोगियों में और प्रमुख कोरोनरी धमनी में महत्वपूर्ण संकुचन वाले रोगियों में अधिक होते हैं। एंजियोग्राफी के दौरान घातक जटिलताओं की समग्र संभावना लगभग एक हजार में एक (1/1000) बताई गई है। हालांकि, प्रक्रिया के लाभों और समग्र सुरक्षा प्रोफाइल को देखते हुए, एंजियोग्राफी एक बहुत कम जोखिम वाली प्रक्रिया है।