ऑटोइम्यून बीमारियाँ तब उत्पन्न होती हैं जब प्रतिरक्षा प्रणाली शरीर के अपने ऊतकों को गलती से विदेशी के रूप में पहचान कर उन पर हमला करती है, जिससे संभावित रूप से शरीर के लगभग किसी भी अंग पर असर पड़ सकता है। सबसे अधिक प्रभावित अंगों में यकृत, थायरॉयड ग्रंथि, गुर्दे, अग्न्याशय, आंतें और त्वचा शामिल हैं। सिस्टमिक ऑटोइम्यून बीमारियाँ केवल एक अंग तक सीमित नहीं होतीं, बल्कि एक साथ कई अंग प्रणालियों को प्रभावित करने की क्षमता रखती हैं।