एलोजेनिक स्टेम सेल प्रत्यारोपण एक ऐसी प्रक्रिया है जिसमें रोगी के अलावा किसी अन्य डोनर (भाई-बहन, रिश्तेदार या गैर-संबंधित डोनर) से प्राप्त स्टेम कोशिकाओं को रोगी में प्रत्यारोपित किया जाता है। ऑटोलॉगस प्रत्यारोपण के विपरीत, एलोजेनिक प्रत्यारोपण कैंसर से लड़ने के लिए एक नई प्रतिरक्षा प्रणाली प्रतिक्रिया उत्पन्न करते हैं। इस प्रक्रिया में, डोनर की स्टेम कोशिकाओं के साथ-साथ प्रतिरक्षा प्रणाली की कोशिकाएं भी प्रत्यारोपित की जाती हैं। हालांकि, यदि डोनर के लिम्फोसाइट्स प्राप्तकर्ता के शरीर में कुछ कोशिकाओं को विदेशी मानते हैं, तो वे उनके खिलाफ प्रतिक्रिया शुरू कर सकते हैं। इससे «ग्राफ्ट-वर्सस-होस्ट» रोग (जीवीएचडी) हो सकता है, जिससे प्राप्तकर्ता के अंगों को गंभीर नुकसान हो सकता है। इस जोखिम को कम करने के लिए, प्रत्यारोपण के बाद रोगी को इम्यूनोसप्रेसिव दवाएं दी जाती हैं ताकि डोनर के लिम्फोसाइट्स को प्रतिक्रिया करने से रोका जा सके। जीवीएचडी के जोखिम को कम करने के लिए, रोगी और डोनर के बीच उच्चतम संभव ऊतक अनुकूलता का लक्ष्य रखा जाता है।