El trasplante alogénico de células madre es el proceso de transferir células madre de un donante (hermano/a, pariente o donante no emparentado) que no sea el propio paciente. A diferencia de los trasplantes autólogos, los trasplantes alogénicos crean una nueva respuesta del sistema inmunitario para combatir el cáncer. En este proceso, las células del sistema inmunitario se trasplantan junto con las células madre del donante. Sin embargo, si los linfocitos del donante perciben algunas células en el cuerpo del receptor como extrañas, pueden iniciar una reacción contra ellas. Esto puede conducir a la enfermedad de «injerto contra huésped» (EICH), que puede causar daños graves a los órganos del receptor. Para mitigar este riesgo, se administran medicamentos inmunosupresores al paciente después del trasplante para intentar evitar que los linfocitos del donante reaccionen. Para minimizar el riesgo de EICH, se busca el mayor grado posible de compatibilidad tisular entre el paciente y el donante.