कावासाकी रोग का निदान होने के बाद, मरीजों को उपचार शुरू करने के लिए अस्पताल में भर्ती किया जाता है। अस्पताल से छुट्टी मिलने के बाद, इन मरीजों को नियमित रूप से एक बाल हृदय रोग विशेषज्ञ द्वारा फॉलो-अप करवाना अत्यंत महत्वपूर्ण है। प्रारंभिक फॉलो-अप जांच 2 सप्ताह के भीतर, और उसके बाद 6-8 सप्ताह के बीच की जानी चाहिए। बाद में, कोरोनरी धमनियों की स्थिति के आधार पर फॉलो-अप के अंतराल को समायोजित किया जा सकता है। लंबी अवधि में, इन बच्चों में हृदय-स्वस्थ जीवनशैली की आदतों को विकसित करना विशेष रूप से महत्वपूर्ण है।