एंडोमेट्रियोसिस (चॉकलेट सिस्ट) के लक्षण बीमारी की गंभीरता और स्थान के आधार पर भिन्न हो सकते हैं, लेकिन इनमें आमतौर पर ऐसी असुविधाएँ शामिल होती हैं जो जीवन की गुणवत्ता को काफी प्रभावित करती हैं। सबसे आम लक्षण हैं:

* गंभीर मासिक धर्म दर्द (डिसमेनोरिया): मासिक धर्म के दौरान गंभीर दर्द जो बिगड़ सकता है और दैनिक गतिविधियों को प्रतिबंधित करने वाला बन सकता है। यह दर्द गर्भाशय के बाहर एंडोमेट्रियल ऊतक के बढ़ने और मासिक धर्म चक्र के साथ रक्तस्राव के कारण होता है।
* पुराना पेल्विक दर्द: पेट के निचले हिस्से में महसूस होने वाला लगातार या बार-बार होने वाला पेल्विक दर्द जो मासिक धर्म की अवधि के बाहर भी बना रहता है।
* अवधियों के बीच स्पॉटिंग या रक्तस्राव: हल्का रक्तस्राव या स्पॉटिंग (इंटरमेन्स्ट्रुअल रक्तस्राव) जो दो मासिक धर्म चक्रों के बीच हो सकता है।
* दर्दनाक यौन संबंध (डिस्पेरूनिया): यौन संबंध के दौरान या बाद में महसूस होने वाला दर्द।
* मूत्र और आंत्र संबंधी समस्याएं: पेशाब करते समय दर्द (डिसुरिया), मूत्र में रक्त (हेमट्यूरिया), शौच के दौरान दर्द, मल में रक्त, या कुछ मामलों में, दस्त और कब्ज जैसे लक्षण। ये समस्याएं तब उत्पन्न हो सकती हैं जब एंडोमेट्रियल ऊतक मूत्राशय या आंतों जैसे अंगों में फैल जाता है।
* बांझपन: एंडोमेट्रियोसिस बांझपन का एक महत्वपूर्ण कारण है जो गर्भधारण करने की महिला की क्षमता को नकारात्मक रूप से प्रभावित कर सकता है।
* पीठ दर्द: विशेष रूप से पीठ के निचले हिस्से में महसूस होने वाला दर्द, जो मासिक धर्म के दौरान बढ़ सकता है।
* थकान और कम ऊर्जा: पुराने दर्द और सूजन के कारण महसूस होने वाली लगातार थकान और ऊर्जा की हानि।