L'anémie pernicieuse est causée par une incapacité de l'intestin à absorber suffisamment de vitamine B12, due à des troubles de son absorption. Les facteurs déclenchants peuvent inclure certains médicaments pris après une intervention chirurgicale, une carence en cofacteurs ou une mauvaise alimentation. Une carence en facteur intrinsèque ou différentes inflammations peuvent également déclencher la maladie.