एलर्जी शरीर के विभिन्न हिस्सों में अलग-अलग लक्षणों के साथ प्रकट हो सकती है। एलर्जी से सबसे ज़्यादा प्रभावित होने वाले क्षेत्र निम्नलिखित हैं:

नाक, आँखें, साइनस और गला: जब एलर्जेन साँस के साथ अंदर जाते हैं, तो वे हिस्टामिन के स्राव को ट्रिगर कर सकते हैं। इससे अक्सर नाक के मार्ग में अत्यधिक बलगम का उत्पादन, सूजन और जलन होती है; गंभीर छींकें और नाक में खुजली भी इन लक्षणों के साथ हो सकती है। इसके अतिरिक्त, आँखें लाल और पानीदार हो सकती हैं, और गले में खराश विकसित हो सकती है।

फेफड़े: अस्थमा, जो पर्यावरणीय कारकों के प्रति वायुमार्गों की अतिसंवेदनशीलता की विशेषता वाली स्थिति है, इसमें वायुमार्गों और उनकी म्यूकोसल परत में सूजन शामिल होती है। यह सूजन समय-समय पर वायु प्रवाह को बाधित कर सकती है, जिससे साँस लेने में तकलीफ होती है। यद्यपि अस्थमा केवल एलर्जी के कारण नहीं होता है, लेकिन एलर्जी संबंधी प्रतिक्रियाएँ इसके विकास और बढ़ने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाती हैं।

पेट और आंतें: यद्यपि कई पाचन संबंधी असुविधाएँ खाद्य असहिष्णुता से उत्पन्न होती हैं, वैज्ञानिक अनुसंधान ने विशिष्ट खाद्य पदार्थों की पहचान की है जो एलर्जी संबंधी प्रतिक्रियाओं को ट्रिगर करने में सक्षम हैं। सामान्य एलर्जेन में मूंगफली, समुद्री भोजन, डेयरी उत्पाद और अंडे शामिल हैं। शिशुओं में, गाय के दूध से एलर्जी एक्जिमा, अस्थमा, पेट का दर्द और गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल समस्याओं के रूप में प्रकट हो सकती है। खाद्य एलर्जी और लैक्टोज असहिष्णुता जैसी स्थितियों के बीच अंतर करना महत्वपूर्ण है, जो पाचन संबंधी लक्षण भी पैदा करती हैं लेकिन एलर्जी संबंधी प्रतिक्रियाएँ नहीं हैं।

त्वचा: एक्जिमा और पित्ती (खुजलीदार दाने) एलर्जी से जुड़े सामान्य त्वचा रोग हैं। पित्ती खुजलीदार, सफेद, उभरे हुए चकत्ते के रूप में दिखाई देती है जो कीड़े के काटने के समान होती है। एक्जिमा के कुछ मामलों में, आहार संबंधी कारक महत्वपूर्ण भूमिका निभा सकते हैं।

एलर्जी संबंधी स्थितियाँ विकसित देशों में अधिक बार देखी जाती हैं। पुरानी तनाव, चुनौतीपूर्ण कार्य वातावरण, बढ़ती वायु प्रदूषण और भोजन में एडिटिव्स जैसे कारक एलर्जी की बढ़ती व्यापकता में योगदान करने के लिए जाने जाते हैं।