ईआरसीपी (ERCP) आमतौर पर एक कम जोखिम वाली प्रक्रिया है जब इसे इस क्षेत्र में अनुभवी गैस्ट्रोएंटरोलॉजी विशेषज्ञों द्वारा किया जाता है। हालांकि, किसी भी चिकित्सा हस्तक्षेप की तरह, कुछ जटिलताएँ दुर्लभ रूप से हो सकती हैं। संभावित जटिलताओं में अग्नाशयशोथ (अग्न्याशय की सूजन), पित्तवाहिनीशोथ (पित्त नली की सूजन), या पित्ताशयशोथ (पित्ताशय की सूजन) शामिल हैं। पित्त नली को चौड़ा करने के लिए की गई चीरा (स्फिंक्टरोटॉमी) के बाद रक्तस्राव या छिद्रण (पंचर) जैसी अधिक गंभीर, लेकिन बहुत दुर्लभ जटिलताएँ भी हो सकती हैं। इसलिए, प्रक्रिया करने वाले विशेषज्ञ का अनुभव और जिस स्वास्थ्य सुविधा में प्रक्रिया की जाएगी, उसके उचित उपकरण अत्यंत महत्वपूर्ण हैं।