मासिक धर्म के दौरान कोलोनोस्कोपी करना आमतौर पर चिकित्सकीय रूप से सुरक्षित माना जाता है और यह आमतौर पर प्रक्रिया में बाधा डालने वाली स्थिति नहीं बनाता है। मरीजों को इस जानकारी को अपने चिकित्सक के साथ साझा करने की सलाह दी जाती है।