एमआर इमेजिंग की लागत कई प्रमुख कारकों से प्रभावित होती है। इनमें आमतौर पर इमेज की जाने वाली शरीर के विशिष्ट क्षेत्र, क्या कंट्रास्ट एन्हांसमेंट की आवश्यकता है, और वह चिकित्सा सुविधा जहां सेवा प्रदान की जाएगी, शामिल हैं।