एलर्जी प्रतिक्रियाएं शरीर के विभिन्न प्रणालियों को प्रभावित कर सकती हैं। सबसे अधिक प्रभावित क्षेत्र और उनके लक्षण इस प्रकार हैं:

* श्वसन पथ (नाक, आंखें, साइनस और गला): एलर्जी पैदा करने वाले तत्वों को सांस के जरिए अंदर लेने से हिस्टामाइन निकलता है, जिससे नाक में बलगम का उत्पादन बढ़ता है, सूजन होती है और जलन होती है। यह गंभीर छींक, नाक में खुजली, आंखों से पानी आना और लाल होना, और गले में खराश के रूप में प्रकट होता है।
* फेफड़े (अस्थमा): अस्थमा एक पुरानी स्थिति है जो पर्यावरणीय कारकों के प्रति वायुमार्ग की अतिसंवेदनशीलता की विशेषता है। वायुमार्ग और श्लेष्म झिल्ली में सूजन हवा के प्रवाह को प्रतिबंधित कर सकती है, जिससे सांस लेने में कठिनाई होती है। यद्यपि अस्थमा हमेशा एलर्जी से उत्पन्न नहीं होता है, एलर्जी अक्सर एक महत्वपूर्ण प्रेरक भूमिका निभाती है।
* पाचन तंत्र (पेट और आंतें): यद्यपि अधिकांश गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल असुविधा खाद्य असहिष्णुता से उत्पन्न होती है, कुछ खाद्य पदार्थ एलर्जी प्रतिक्रियाओं का कारण बन सकते हैं। प्रमुख एलर्जी वाले खाद्य पदार्थों में मूंगफली, समुद्री भोजन, डेयरी उत्पाद और अंडे शामिल हैं। शिशुओं में गाय के दूध से एलर्जी से एक्जिमा, अस्थमा, पेट का दर्द और पाचन संबंधी समस्याएं हो सकती हैं। लैक्टोज असहिष्णुता जैसी स्थितियां पेट की परेशानी का कारण बन सकती हैं लेकिन एलर्जी से अलग तंत्र के माध्यम से काम करती हैं।
* त्वचा: एक्जिमा और पित्ती (पित्त) एलर्जी के सामान्य त्वचा संबंधी लक्षण हैं। पित्ती में खुजली वाले, उभरे हुए घाव होते हैं जो कीड़े के काटने जैसे दिखते हैं। कुछ एक्जिमा के मामलों में खाद्य एलर्जी भूमिका निभा सकती है।

एलर्जी संबंधी स्थितियां विकसित देशों में अधिक प्रचलित पाई जाती हैं। तनाव, चुनौतीपूर्ण कामकाजी माहौल, वायु प्रदूषण में वृद्धि और खाद्य योज्य जैसे कारक एलर्जी की बढ़ती व्यापकता में योगदान करते हैं।