भ्रूण इकोकार्डियोग्राफी का उपयोग गर्भावस्था के दौरान भ्रूण में विकसित होने वाली जन्मजात हृदय रोगों, विभिन्न लय संबंधी विकारों और एनीमिया जैसे गैर-कार्डियक कारकों के कारण हृदय के द्वितीयक रूप से प्रभावित होने वाली स्थितियों के मूल्यांकन के लिए किया जाता है।