हालांकि ईटीएस (एंडोस्कोपिक थोरैसिक सिम्पेथेक्टोमी) को आमतौर पर एक सीधी प्रक्रिया माना जाता है, फिर भी यह एक सर्जिकल हस्तक्षेप है। इसलिए, अन्य सभी सर्जिकल प्रक्रियाओं में देखे जाने वाले संभावित जोखिम और जटिलताएं ईटीएस पर भी लागू होती हैं। सर्जरी के दौरान या बाद में उत्पन्न होने वाली संभावित जटिलताओं में शामिल हैं: