कोलाइटिस का उपचार रोग के कारण और प्रकार के आधार पर भिन्न होता है। कोलाइटिस के उपचार के मुख्य तरीके इस प्रकार हैं:

स्यूडोमेम्ब्रेनस कोलाइटिस का उपचार:
* कारण बनने वाली दवा को बंद करना।
* यदि लक्षण ठीक नहीं होते हैं तो क्लोस्ट्रीडियम डिफिसाइल (Clostridium difficile) बैक्टीरिया के खिलाफ एंटीबायोटिक का उपयोग।
* बार-बार होने वाले मामलों में विभिन्न दवाएं या सर्जरी।

* पुनरावृत्ति को रोकने के लिए आहार में बदलाव: खूब सारे तरल पदार्थ पीना, कैफीनयुक्त और मादक पेय से बचना, आसानी से पचने वाले खाद्य पदार्थों का चयन करना, भोजन की आवृत्ति बढ़ाना और मसालेदार/वसायुक्त भोजन से बचना।

इस्केमिक कोलाइटिस का उपचार:
* हल्के मामलों में: तरल आहार, निगरानी, एंटीबायोटिक्स और बाह्य रोगी उपचार।
* वाहिका-विस्फारक (Vasodilator) दवाएं।
* रक्त के थक्के जमने की समस्याओं के लिए थ्रोम्बोलिटिक दवाएं।
* यदि उपचार अप्रभावी हो तो सर्जरी।
* अंतर्निहित स्थितियों जैसे हृदय विफलता का प्राथमिकता से उपचार।
* रक्त वाहिकाओं को संकुचित करने वाली दवाओं को बंद करना (जैसे, माइग्रेन, हार्मोन थेरेपी, कुछ हृदय दवाएं)।
* बृहदान्त्र (Colon) के छिद्रण, रुकावट या ऊतक परिगलन (tissue necrosis) के मामलों में सर्जिकल हस्तक्षेप।

स्पास्टिक कोलाइटिस का उपचार:
* तनाव प्रबंधन और सामना करने की रणनीतियाँ।
* कब्ज और दस्त से राहत के लिए दवाएं (एंटीबायोटिक का उपयोग नहीं किया जाता है)।

माइक्रोस्कोपिक कोलाइटिस का उपचार:
* अक्सर अपने आप ठीक हो जाता है।
* दुर्लभ मामलों में, उपचार में आहार और दस्त को कम करने वाली दवाएं शामिल होती हैं।

रेडिएशन कोलाइटिस का उपचार:
* विकिरण चिकित्सा (Radiation therapy) पूरी होने के बाद अपने आप ठीक हो जाता है।

अल्सरेटिव कोलाइटिस का उपचार:
* दवा उपचार: सूजन और जलन को कम करने के लिए एंटीबायोटिक्स, इम्यूनोसप्रेसेंट और बायोलॉजिक एजेंट। दस्त, रक्तस्राव और पेट दर्द जैसे लक्षणों के लिए दवाएं, साथ ही फ्लेयर्स (flares) की आवृत्ति को कम करने वाली दवाएं।
* सर्जिकल उपचार: उन रोगियों के लिए अनुशंसित है जो दवा उपचार का जवाब नहीं देते हैं या गंभीर लक्षण हैं, जिसमें बृहदान्त्र को हटाना शामिल है।
* आहार: लक्षणों को कम करने वाले आहार को समय के साथ संशोधित किया जा सकता है। दस्त और रक्तस्राव के कारण होने वाले निर्जलीकरण, इलेक्ट्रोलाइट असंतुलन और कुपोषण को रोकने के लिए पोषण संबंधी पूरक (चिकित्सा पर्यवेक्षण के तहत) पर विचार किया जा सकता है। उच्च कैलोरी, लैक्टोज-मुक्त, कम वसा, कम फाइबर, कम सोडियम या ग्लूटेन-मुक्त जैसे विशिष्ट आहार रोगी की स्थिति और लक्षणों के आधार पर निर्धारित किए जाते हैं।