En cas de crise convulsive cryogénique, le traitement est d'abord planifié en fonction de la cause, déterminée par l'examen et les résultats des examens. On recherche la présence éventuelle d'une tumeur, d'un kyste, d'une obstruction vasculaire ou d'une hémorragie cérébrale. En l'absence de cause apparente, un traitement médicamenteux est instauré en fonction de l'expérience du médecin, après évaluation du type de crise et des résultats de l'EEG. Les médicaments utilisés dans le traitement de l'épilepsie sont commencés à faible dose pour surveiller les effets secondaires, puis augmentés progressivement jusqu'à la dose appropriée. Le patient est ensuite suivi par des examens cliniques et des analyses de sang à intervalles réguliers, en fonction des effets secondaires du médicament.

Le traitement médicamenteux doit être poursuivi pendant au moins deux ans, à condition qu'aucune crise ne survienne. Ensuite, la réduction progressive du traitement et son arrêt sont planifiés en fonction des recommandations du médecin et des examens de contrôle.