सिकल सेल एनीमिया शरीर के विभिन्न प्रमुख अंगों को प्रभावित कर सकता है। यकृत, हृदय, गुर्दे, पित्ताशय, आँखें, हड्डियाँ और जोड़ जैसे अंग विशेष रूप से क्षति के प्रति संवेदनशील होते हैं। यह क्षति सिकल कोशिकाओं के असामान्य आकार और कार्य के कारण होती है, जो छोटी रक्त वाहिकाओं से उनके उचित प्रवाह को बाधित करती है, जिससे ऊतक क्षति और अंग कार्य में बाधा आती है।