कोल्पोस्कोपी आमतौर पर एक सुरक्षित प्रक्रिया है और आवश्यकता पड़ने पर इसे दोहराया जा सकता है। हालांकि, कोल्पोस्कोपिक बायोप्सी के बाद, या दुर्लभ मामलों में, केवल कोल्पोस्कोपी के बाद कुछ संभावित जोखिम मौजूद होते हैं। ये संभावित दुष्प्रभाव आमतौर पर हल्के और असामान्य होते हैं, लेकिन इनमें शामिल हो सकते हैं: रक्तस्राव, संक्रमण, तेज बुखार या ठंड लगना, योनि से भारी, पीले या दुर्गंधयुक्त स्राव, पेट के निचले हिस्से में दर्द।