कैप्सूल एंडोस्कोपी का उपयोग मुख्य रूप से अज्ञात गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल रक्तस्राव के कारण की जांच करने और क्रोहन रोग जैसी छोटी आंत को प्रभावित करने वाली सूजन संबंधी बीमारियों का निदान करने के लिए किया जाता है। इसके अलावा, यह अज्ञात लौह-अभाव एनीमिया, पुरानी दस्त, पेट दर्द और वजन घटने जैसे लक्षणों के साथ होने वाली स्थितियों की जांच करने और छोटी आंत में पॉलीप्स या ट्यूमर के निदान के लिए भी एक प्रभावी तरीका है।