कावासाकी रोग का सटीक कारण अभी तक पूरी तरह से समझा नहीं गया है। हालांकि यह माना जाता है कि यह पिछली संक्रमणों से शुरू होता है, कावासाकी रोग स्वयं संक्रामक नहीं है।