Les procédures d'ablation, en particulier l'ablation chirurgicale, peuvent entraîner certains effets secondaires et risques potentiels. Cependant, il n'est pas garanti que tous les patients subissant une thérapie d'ablation connaîtront ces complications.

Les risques potentiels associés au traitement par ablation incluent :
Caillots sanguins
Lésions vasculaires induites par le cathéter
Rétrécissement des vaisseaux sanguins transportant le sang entre les poumons et le cœur
Infection ou saignement
Rarement, accident vasculaire cérébral et crise cardiaque