Ablationsverfahren, insbesondere die chirurgische Ablation, können bestimmte potenzielle Nebenwirkungen und Risiken mit sich bringen. Es ist jedoch nicht garantiert, dass jeder Patient, der eine Ablationstherapie erhält, diese Komplikationen erfahren wird.

Mögliche Risiken im Zusammenhang mit einer Ablationsbehandlung sind:
Blutgerinnsel
Katheterbedingte Gefäßschäden
Verengung der Blutgefäße, die Blut zwischen Lunge und Herz transportieren
Infektion oder Blutung
Selten, Schlaganfall und Herzinfarkt