Le traitement de l'embolie pulmonaire dure au minimum 6 mois. Selon la gravité et l'intensité de la maladie, une partie de ce traitement peut avoir lieu à l'hôpital. Si la personne présente des prédispositions génétiques (protéine C, facteur V de Leiden, antithrombine III, etc.), elle peut être amenée à prendre des anticoagulants à vie.