Dans le traitement du sinus pilonidal, l'intervention chirurgicale est la méthode la plus efficace et la plus fréquemment privilégiée. Les options de traitement non chirurgical incluent le drainage du kyste, l'application de phénol, la thérapie au laser et l'utilisation d'antibiotiques pour le contrôle de l'infection. Ces méthodes alternatives peuvent généralement être envisagées pour les cas inéligibles à la chirurgie ou les stades précoces ; cependant, leurs taux de récidive peuvent être plus élevés par rapport à la chirurgie. Les applications de soutien telles que les compresses chaudes peuvent soulager temporairement l'inconfort dans la zone, mais ne procurent pas de guérison définitive. L'objectif principal de l'intervention chirurgicale est l'exérèse complète du trajet du sinus pilonidal et le positionnement de l'incision chirurgicale autant que possible en dehors du sillon interfessier afin d'optimiser la cicatrisation. Avant la chirurgie, il est d'une importance capitale de maîtriser toute infection existante par un traitement antibiotique.