Les parasites intestinaux sont généralement divisés en deux catégories principales : les protozoaires et les helminthes.

Protozoaires : Ce sont des organismes unicellulaires microscopiques. Parmi les espèces de protozoaires couramment observées qui causent des infections intestinales chez l'homme, on trouve Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium et Cyclospora cayetanensis. Ces parasites se propagent généralement par des aliments, de l'eau, du sol contaminés ou des surfaces souillées par les excréments humains et animaux. Par exemple, ils peuvent être présents dans les eaux de spas ou de piscines mal entretenues. Certains protozoaires forment des kystes résistants capables de survivre hors de l'hôte pendant des mois. L'ingestion de ces kystes ou parasites microscopiques entraîne une infection.

Helminthes : Ce sont des vers intestinaux multicellulaires visibles à l'œil nu. Les helminthes sont généralement classés en vers plats (trématodes et cestodes) et en vers ronds (nématodes). Le groupe des vers plats comprend les ténias, tandis que les vers ronds englobent de nombreuses espèces, y compris les oxyures. Plus précisément, les oxyures (Enterobius vermicularis) sont l'une des infections helminthes intestinales les plus courantes chez l'homme, particulièrement chez les enfants.