Les procédures d'endoscopie impliquent généralement soit une anesthésie locale pour insensibiliser la gorge, soit une sédation intraveineuse pour assurer le confort et la relaxation du patient. Sauf considérations médicales spécifiques, la procédure elle-même est généralement rapide, durant environ 10 minutes, et est réalisée sans causer de douleur ou d'inconfort significatif.