La biopsie hépatique est généralement une procédure sûre lorsqu'elle est réalisée par un médecin spécialiste. Cependant, comme toute procédure médicale, elle comporte un faible degré de risques inhérents. Les patients peuvent ressentir des douleurs dans la région des côtes et à l'épaule droite après la biopsie. Le saignement est une autre complication potentielle, bien qu'il soit considéré comme un risque faible. Moins fréquemment, il existe un risque d'infection. Très rarement, un organe interne tel que la vésicule biliaire peut être accidentellement endommagé. Le guidage échographique pré-procédure minimise considérablement ces risques.
Si une biopsie transjugulaire est effectuée, un hématome (collection de sang) peut se former au site d'insertion du cathéter, entraînant une douleur localisée. Occasionnellement, cette procédure spécifique peut affecter les nerfs, entraînant potentiellement des effets temporaires tels qu'une paupière tombante (ptôse).