En cas d'hypospadias, l'ouverture urétrale étant située sur la face inférieure du pénis et plus en arrière de sa position normale peut affecter le potentiel de fertilité en rendant l'éjaculation du sperme difficile. Cependant, si l'ouverture urétrale est proche de l'extrémité du pénis, et qu'une courbure ou une déformation l'accompagnant n'affecte pas négativement la fonction sexuelle ou la libération du sperme, cette condition ne constitue généralement pas un obstacle à la capacité d'avoir des enfants. Néanmoins, bien que rarement, certains patients peuvent également présenter des anomalies urologiques supplémentaires telles que des testicules non descendus. De tels cas nécessitent une évaluation détaillée.