La procédure de cross-linking offre généralement une expérience très confortable et est bien tolérée par les patients, grâce aux gouttes oculaires anesthésiques administrées à intervalles réguliers avant et pendant l'intervention. Cependant, les patients peuvent ressentir des symptômes tels que des brûlures, des picotements, un larmoiement et des douleurs jusqu'à ce que la guérison épithéliale soit complète après la procédure.