Chez un patient se présentant avec une diarrhée dans le contexte d'une dysenterie, le diagnostic de la maladie et de l'agent causal est posé sur la base des symptômes rapportés, des signes cliniques à l'examen, et des examens complémentaires. Le diagnostic de l'agent causal de la dysenterie peut être établi par examen microscopique des selles, culture des selles, et des tests tels que l'ELISA ou la PCR sur les selles.