La durée des traitements par cellules souches varie selon la méthode appliquée. Dans les applications réalisées par injection, la collecte des cellules souches prend généralement environ 15-20 minutes. Ensuite, selon le protocole utilisé, le processus de séparation des cellules souches peut varier de 45 minutes à 2 heures. L'injection elle-même dure environ 1 minute. Alors que les phases de collecte et d'injection sont réalisées avec le patient, le processus de séparation est effectué indépendamment du patient, pendant lequel le patient peut se reposer. Cependant, pour les procédures de cellules souches réalisées chirurgicalement à l'aide de supports appelés matrices, la durée totale peut atteindre 1 à 2 heures, en fonction de la complexité de la procédure chirurgicale.