La gastrectomie en manchon, comme d'autres procédures chirurgicales bariatriques et métaboliques, est généralement contre-indiquée chez les patients présentant des conditions médicales graves non contrôlées telles qu'une maladie cardiaque active, une insuffisance pulmonaire avancée ou un cancer actif. De plus, les individus qui n'ont pas la capacité cognitive de comprendre pleinement le processus chirurgical, ses risques et les modifications impératives du régime alimentaire et du mode de vie post-opératoires (que ce soit en raison de conditions congénitales ou d'une déficience acquise) ne sont pas considérés comme des candidats appropriés. Spécifiquement pour la gastrectomie en manchon, les patients atteints de maladie de reflux gastro-œsophagien (RGO) sévère préexistante ne sont généralement pas recommandés pour cette procédure.